Rien n'interrompt les règles normales tant qu'un texte de carte ne dit pas le contraire. Donc, oui, le jeu se déroule "normalement" et les 4 phases se suivent toujours.
A toi de gérer la situation. Tu as plusieurs solutions : la fuite, le combat, temporiser en attendant un autre choix, changer de lieu (différent de la fuite mais généralement associé pour ne pas se prendre une attaque d'opportunité), parler à un certain personnage, abandonner (si tu peux atteindre le lieu concerné), combotter tout ça d'une manière ou d'une autre, ...
Dans Horreur à Arkham, contrairement aux jeux en général, ce qui peut sembler être un objectif et/ou boss en soi n'est pas forcément une finalité. Dans ce cas ci on peut se douter que lui faire sauter les dents est probablement une solution idéale. Mais ça ne veut pas dire que c'est la meilleure si ça implique l'échec
Attention, si ça traine en longueur tu en es probablement à la troisième carte "Intrigue" et elle impose de faire certaines choses à certains moments (déplacement d'ennemis entre autre). N'oublie pas de prendre ça en compte dans le bon déroulement du scénario
L'arrivée du "boss" peut avoir tendance à nous focaliser sur le jeu dans son déroulement "normal" et nous faire oublier les ajouts de règles propres au scénario.