Point de vue règle, c'est bien marqué dans le livret qu'il faut tout réinitialiser, et de ne rien inscrire dans le Carnet de Campagne, à l'exception des éventuels traumatismes obtenus.
Point de vue fluff, ça ne me choque pas de devoir retirer les points de Vengeance. Les Basiliques aussi ont le droit de te recombattre à nouveau. Si on devait recommencer le scénario sans eux, ça ne serait pas tout à fait le même scénario. Et je ne vois pas pourquoi leur traitement serait différent des autres ennemis vaincus.